Cekricek.id — Tidak ada satu pun pasien dalam penelitian ini. Tidak ada usap vagina, tidak ada cawan petri, tidak ada mesin pengurut DNA. Yang ada hanya tiga deretan huruf yang diunduh dari sebuah basis data terbuka milik pemerintah Amerika Serikat, lalu diperiksa memakai peramban di layar komputer — dan dari tiga deretan huruf itulah sebuah artikel ilmiah tentang mikrobiota vagina disusun.
Kerja itu dilaporkan Arleni Bustami dari Program Sarjana Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, Ariyani Kiranasari dari Departemen Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, dan Engla Merizka dari Fakultas Farmasi dan Sains Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka, Jakarta, lewat artikel BLAST-Based Identification of Representative Vaginal Microbiota Associated with Female Reproductive Health Using Publicly Available 16S rRNA Sequences (Identifikasi berbasis BLAST atas mikrobiota vagina representatif yang berkaitan dengan kesehatan reproduksi perempuan menggunakan sekuens 16S rRNA yang tersedia untuk umum), yang terbit dalam Indonesian Journal of Medical Chemistry and Bioinformatics Vol. 5 No. 1 pada 2026.
Desainnya disebut penulisnya sendiri sebagai studi in silico deskriptif — istilah untuk penelitian yang seluruhnya dikerjakan di dalam komputer, sebagai lawan dari in vivo pada makhluk hidup dan in vitro di tabung reaksi. Ukuran bahannya tiga sekuens gen acuan. Jumlah sampel klinisnya nol. Lokasinya bukan sebuah rumah sakit atau laboratorium basah, melainkan basis data daring National Center for Biotechnology Information atau NCBI di Bethesda, Maryland, Amerika Serikat, yang diakses dari Jakarta.
Baca juga: Riset Australia: Kadar CO2 dalam Darah Manusia Naik Seiring Iklim Memanas
Tiga Nomor Aksesi dan Nol Pasien
Mikrobiota vagina adalah kumpulan mikroorganisme yang menghuni saluran reproduksi perempuan. Pada perempuan sehat, tulis penulisnya merujuk kepustakaan, komunitas itu biasanya didominasi spesies Lactobacillus yang menghasilkan asam laktat, hidrogen peroksida, dan senyawa antimikroba sehingga keasaman vagina terjaga dan mikroorganisme patogen terhambat. Ketika keseimbangan itu terganggu — keadaan yang disebut disbiosis — berbagai gangguan saluran reproduksi dilaporkan menyertainya, mulai dari vaginosis bakterialis, infertilitas, radang panggul, infeksi menular seksual, sampai luaran kehamilan yang buruk.
Tiga bakteri dipilih sebagai wakil dari dua kutub itu. Lactobacillus crispatus mewakili bakteri yang menguntungkan, dengan nomor aksesi NR_041857.1. Gardnerella vaginalis mewakili bakteri yang lazim dikaitkan dengan vaginosis bakterialis, dengan nomor aksesi NR_026079.1. Prevotella bivia, bakteri anaerob yang sering dilaporkan pada disbiosis dan peradangan saluran reproduksi, memakai nomor aksesi NR_113598.1. Pemilihan ketiganya didasarkan pada kepustakaan ilmiah yang sudah terbit, bukan pada temuan lapangan.
Nomor aksesi adalah label permanen yang diberikan basis data kepada setiap sekuens yang disimpan di dalamnya, sehingga siapa pun di mana pun dapat mengunduh berkas yang persis sama. Ketiga sekuens itu diunduh dalam format FASTA, format teks sederhana yang menuliskan urutan basa nukleotida sebagai deretan huruf A, T, G, dan C.
Gen yang Dipakai sebagai Sidik Jari Bakteri
Sekuens yang dipakai bukan seluruh genom, melainkan gen 16S rRNA. Gen ini menyandi salah satu komponen ribosom bakteri, mesin penyusun protein yang dimiliki semua sel bakteri. Sebagian bagiannya nyaris tidak berubah sepanjang evolusi, sementara sebagian lain berbeda antarspesies. Kombinasi itulah yang membuatnya lazim dipakai sebagai penanda molekuler untuk mengklasifikasi bakteri dan menyusun hubungan kekerabatan — penulisnya menyebut gen 16S rRNA sebagai penanda yang sangat lestari untuk keperluan itu.
Alat yang dipakai untuk mencocokkan sekuens adalah BLASTn, singkatan dari Basic Local Alignment Search Tool untuk nukleotida, layanan gratis yang tersedia lewat laman NCBI. Cara kerjanya bisa dibayangkan seperti mesin pencari: sederet huruf dimasukkan, lalu perangkat itu menyisir koleksi sekuens yang tersimpan dan melaporkan mana yang paling mirip beserta seberapa mirip.
Parameter yang dipakai disebutkan penulisnya secara rinci: basis data Nucleotide Collection atau nr/nt, jumlah sekuens sasaran maksimal 100, ambang nilai harapan atau E-value sebesar 10, dan ukuran kata 28. Hasil pensejajaran dinilai dari tiga hal, yaitu persentase identitas, cakupan kueri, dan nilai E. Identifikasi spesies dianggap dapat diandalkan bila identitas sekuens melampaui 97 persen, cakupan kueri mendekati 100 persen, dan nilai E mendekati nol.
Nilai E sendiri kira-kira menyatakan berapa banyak kecocokan sebaik itu yang diperkirakan muncul secara kebetulan saja di dalam basis data sebesar itu. Makin dekat ke nol, makin kecil kemungkinan kecocokannya kebetulan.
Apa yang Dilaporkan Mesin Pencocok Sekuens
Hasilnya, sebagaimana bisa diduga untuk sekuens acuan yang diambil dari basis data yang sama, tinggi di ketiga bakteri. Sekuens Lactobacillus crispatus cocok paling baik dengan galur ATCC 33820 pada identitas 99,8 persen, cakupan kueri 100 persen, dan nilai E 0,0. Sekuens Gardnerella vaginalis cocok dengan galur ATCC 14018 pada identitas 99,2 persen, cakupan kueri 100 persen, dan nilai E 0,0. Sekuens Prevotella bivia cocok dengan galur DSM 20514 pada identitas 98,7 persen, cakupan kueri 99 persen, dan nilai E 0,0.
Penulisnya menyimpulkan bahwa kemiripan sekuens yang tinggi, cakupan kueri yang tinggi, dan nilai E yang mendekati nol pada seluruh sekuens yang diambil menegaskan identifikasi spesies yang akurat. Perlu dicatat bahwa yang diuji di sini adalah ketepatan identifikasi sekuens acuan, bukan keberadaan bakteri-bakteri itu pada perempuan mana pun.
Selain tabel hasil BLAST, artikel itu memuat sebuah gambar yang membandingkan kelimpahan relatif ketiga bakteri pada kondisi sehat dan pada vaginosis bakterialis. Penulisnya memberi peringatan tegas tentang gambar tersebut. “Nilai-nilai numerik disajikan semata untuk keperluan ilustrasi dan tidak mewakili pengukuran eksperimental asli atau data yang diekstraksi dari kumpulan data publik tertentu,” tulis Bustami, Kiranasari, dan Merizka dalam artikel itu. Kalimat aslinya berbahasa Inggris dan diterjemahkan untuk laporan ini. Dengan kata lain, batang-batang pada gambar itu adalah rangkuman konseptual dari kepustakaan, bukan hasil hitungan.
Baca juga: WHO Dorong Uji Fase 3 Vaksin Ebola Saat Wabah Kongo Tembus 4.500 Kasus
Satu Penjaga Keasaman dan Dua yang Merepotkan
Penafsiran biologis dalam artikel ini seluruhnya bersandar pada tinjauan pustaka, bukan pada percobaan. Penulisnya menelusuri artikel yang terindeks di PubMed dan PubMed Central memakai kata kunci mikrobiota vagina, kesehatan reproduksi perempuan, nama ketiga spesies, 16S rRNA, dan vaginosis bakterialis.
Dari telaah itu, Lactobacillus crispatus digambarkan sebagai salah satu anggota mikrobiota vagina yang paling menguntungkan. Perannya menjaga keseimbangan lewat produksi asam laktat dan senyawa antimikroba yang mempertahankan keasaman vagina serta menghambat kolonisasi mikroorganisme patogen. Komunitas yang didominasi Lactobacillus, terutama spesies ini, dilaporkan berkaitan dengan perlindungan terhadap vaginosis bakterialis, infeksi menular seksual, dan luaran reproduksi yang buruk.
Sebaliknya, Gardnerella vaginalis disebut sebagai salah satu organisme penanda disbiosis vagina. Kepustakaan yang dikutip penulisnya menunjukkan bakteri ini mampu menempel pada sel epitel vagina dan memulai pembentukan biofilm — lapisan lengket tempat koloni bakteri berlindung — yang menciptakan lingkungan menguntungkan bagi pertumbuhan bakteri anaerob lain. Pembentukan biofilm itu diduga menjelaskan mengapa vaginosis bakterialis kerap kambuh pada banyak pasien.
Prevotella bivia dilaporkan mampu menghasilkan metabolit yang memicu respons peradangan sekaligus memudahkan pertumbuhan mikroorganisme lain yang berkaitan dengan vaginosis bakterialis. Penelitian terdahulu, tulis penulisnya, menunjukkan bakteri ini dapat bekerja secara sinergis dengan Gardnerella vaginalis sehingga menyumbang pada ketidakseimbangan mikroba, peradangan mukosa, dan progresi penyakit. Semua keterangan ini adalah rangkuman kepustakaan, bukan temuan baru dari analisis yang dikerjakan.
Pohon Kekerabatan dan Seribu Kali Pengulangan
Tahap terakhir adalah analisis filogenetik, yaitu penyusunan pohon kekerabatan berdasarkan kemiripan sekuens. Ketiga sekuens 16S rRNA disejajarkan memakai algoritma MUSCLE, lalu pohonnya dibangun dengan metode Neighbor-Joining dan model evolusi Kimura 2-parameter di dalam perangkat lunak MEGA11.
Keandalan bentuk pohonnya diuji dengan analisis bootstrap sebanyak 1.000 ulangan, dan nilai bootstrap ditampilkan pada simpul-simpul cabang. Bootstrap adalah prosedur statistik yang menyusun ulang data berkali-kali secara acak untuk melihat seberapa sering pola yang sama muncul kembali; makin sering, makin kokoh cabang itu.
Hasilnya, Lactobacillus crispatus membentuk garis keturunan tersendiri yang terpisah, sedangkan Gardnerella vaginalis dan Prevotella bivia mengelompok lebih dekat satu sama lain. Penulisnya menilai pemisahan itu mencerminkan divergensi taksonomi dan perbedaan peran ekologis ketiganya di dalam mikrobiota vagina. Perlu diingat, pohon yang disusun dari tiga sekuens saja hanya bisa menggambarkan hubungan antara ketiganya, dan tidak memotret keragaman komunitas mikroba mana pun.
Batas yang Ditarik Penulisnya Sendiri
Bagian yang paling menentukan cara membaca artikel ini justru ada di ujungnya. Penulisnya menegaskan bahwa penelitian ini hanya memakai sekuens acuan representatif dan tidak menganalisis sampel klinis maupun kumpulan data sekuensing mikrobiom. “Akibatnya, temuan ini tidak dapat dipakai untuk menyimpulkan kelimpahan mikroba, keragaman komunitas, jalur fungsional, atau hubungan sebab-akibat antara spesies bakteri dan luaran kesehatan reproduksi,” tulis Bustami, Kiranasari, dan Merizka. Kalimat itu aslinya berbahasa Inggris.
Pengakuan itu memangkas hampir seluruh klaim yang mungkin dibayangkan pembaca awam dari judulnya. Artikel ini tidak mengukur berapa banyak Lactobacillus crispatus pada perempuan sehat, tidak membandingkan komunitas mikroba perempuan dengan dan tanpa vaginosis bakterialis, tidak menguji obat atau probiotik apa pun, dan tidak menyatakan bahwa satu bakteri menyebabkan satu penyakit. Yang dikerjakan adalah memastikan bahwa tiga sekuens acuan memang cocok dengan galur acuan yang bersesuaian, lalu merangkum apa kata kepustakaan tentang ketiga bakteri itu.
Baca juga: Bos NASA Yakin Artemis 3 Meluncur 2027, Uji Dua Pendarat Bulan di Orbit
Penulisnya sendiri menempatkan nilai artikelnya pada sisi pengajaran, bukan penemuan. Mereka menyebut kekuatan utama studi ini adalah peragaan alur kerja yang sederhana dan mudah diakses untuk pengantar mikrobiologi dan bioinformatika, karena mahasiswa dan peneliti pemula bisa memperoleh gambaran dasar tentang taksonomi mikroba tanpa memerlukan teknologi sekuensing canggih atau percobaan laboratorium. “Pendekatan semacam itu dapat berguna sebagai alat pendidikan di lingkungan dengan sumber daya terbatas,” tulis mereka dalam terjemahan bebas.
Sebagai penutup, ketiganya menyatakan bahwa studi lanjutan yang memakai kumpulan data mikroba lebih besar dan teknologi sekuensing berkapasitas tinggi diperlukan untuk memperoleh pemahaman yang lebih menyeluruh tentang dinamika mikrobiota vagina dan pengaruhnya terhadap kesehatan reproduksi perempuan.
