Virus Bercak Cincin Pepaya di Sleman Satu Rumpun dengan Thailand

Cekricek.id — Bercak melingkar terlihat pada buah pepaya di kebun itu, sementara daunnya bermosaik dan menguning. Sebagian tanaman tumbuh kerdil.

Gejala itu ditemukan tim Universitas Gadjah Mada saat menyurvei kebun pepaya di Kabupaten Sleman. Penyebabnya kemudian dipastikan sebagai virus bercak cincin pepaya.

Hasilnya dimuat di JPT: Jurnal Proteksi Tanaman (Journal of Plant Protection) Volume 10 Nomor 1 tahun 2026, halaman 42 sampai 55. Penerbitnya Universitas Andalas.

Naskah itu berjudul Molecular Characterization and Mechanical Transmission of a Papaya Ringspot Virus Isolate from Sleman Regency, Indonesia. Redaksi menerimanya pada 23 Februari 2026.

Revisi pertama masuk 17 Maret 2026 dan naskah disetujui 31 Mei 2026. Artikelnya terbit pada 15 Juni 2026.

Penulis utamanya Meyrin Novia Vadilah, sedangkan penulis korespondensinya Adyatma Irawan Santosa. Keduanya bekerja di Departemen Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada.

Penulis pendampingnya berjumlah tujuh orang. Mereka adalah Fhilia Raga Cipta Wida, Rossa Wulandari, Alimah Nur Hasanah, Fatwa Annisa Yustisia, Carreista Ashila Shafa, Fadzilah Nur Hidayah, dan Hanum Nilamsari.

Pada bagian ucapan terima kasih, penulisnya menyebut Prof. Dr. Tri Joko dari Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada. Menurut keterangan naskah, ia membantu survei lapangan dan pengambilan contoh tanaman.

Kebun 5.000 Meter Persegi yang Nyaris Habis

Survei dilakukan pada November 2025 setelah petani melaporkan kebunnya rusak oleh penyakit mirip virus. Luas kebun itu sekitar 5.000 meter persegi.

Lokasinya berada di Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. Titiknya tercatat pada 7 derajat 38 menit lintang selatan dan 110 derajat 21 menit bujur timur.

Ketinggian lahannya 450 meter di atas permukaan laut. Naskah menyebut kebun pepaya seluas itu nyaris habis diserang penyakit mirip virus.

Gejala sistemik yang terlihat berupa mosaik daun, klorosis daun, serta bercak cincin pada daun dan buah. Sebagian tanaman juga menunjukkan pertumbuhan kerdil.

Contoh daun diambil sebagai gabungan dari lima tanaman bergejala yang dipilih acak. Kelimanya berasal dari titik berbeda di dalam kebun yang sama.

Gulma tumbuh lebat di hampir seluruh bagian kebun. Kutu daun sebagai serangga penularnya justru tidak terlihat selama survei berlangsung.

Contoh daun dibawa ke Ruang Virologi, Laboratorium Fitopatologi, Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada. Bahan itu disimpan pada suhu minus 20 derajat Celsius sebelum diuji.

Baca juga Kutu Putih Pepaya dan Lapisan Lilin yang Menahan Racun

Pita 700 Pasang Basa dan Nomor PX927038

Contoh daun diekstraksi untuk memperoleh cetakan DNA sekaligus RNA. Langkah itu diambil untuk memeriksa kemungkinan infeksi ganda pada pepaya bergejala.

Ekstraksi DNA memakai Genomic DNA Mini Kit Plant dan ekstraksi RNA memakai Genomic RNA Mini Kit Plant. Keduanya buatan GeneAid Biotech Ltd. asal Taiwan.

Naskah menyatakan konsentrasi dan kemurnian DNA maupun RNA tidak diukur sebelum analisis molekuler. Pernyataan itu tertulis terbuka di bagian metode.

Transkripsi balik memakai kit ReverTra Ace buatan Toyobo, Jepang. Volume reaksinya 10 mikroliter dengan campuran penyangga, dNTP, primer oligo, penghambat RNase, dan cetakan RNA.

Program transkripsi baliknya disetel 42 derajat Celsius selama 20 menit. Tahap berikutnya 99 derajat Celsius selama 5 menit.

Volume reaksi PCR ditetapkan 40 mikroliter. Isinya 12 mikroliter air suling ganda, dua mikroliter tiap primer, 20 mikroliter ready mix, dan 4 mikroliter cetakan.

Pendeteksian potyvirus memakai pasangan primer universal U341-Forward dan Poty1-Reverse. Pasangan itu menggandakan 600 sampai 800 pasang basa pada ujung tiga genom potyvirus.

Pendeteksian begomovirus memakai pasangan primer SPG1-Forward dan SPG2-Reverse. Pasangan itu menggandakan sekitar 900 pasang basa pada gen AC1 dan AC2 parsial.

Siklus PCR untuk primer potyvirus dimulai pradenaturasi 95 derajat Celsius selama tiga menit. Setelahnya 35 siklus denaturasi, penempelan pada 55 derajat Celsius, dan pemanjangan.

Siklus untuk primer begomovirus memakai pradenaturasi 96 derajat Celsius selama tiga menit. Penempelan primernya berlangsung pada 59 derajat Celsius.

Naskah mencatat PCR dijalankan tanpa kontrol positif maupun kontrol negatif. Keterangan itu ditulis langsung oleh penulisnya di bagian metode.

Hasil PCR divisualisasikan pada gel agarosa 1 persen. Elektroforesisnya berjalan pada 50 volt selama 50 menit dengan penanda DNA 1 kilobasa.

Contoh pepaya itu positif potyvirus dengan pita sekitar 700 pasang basa. Pengujian begomovirus tidak memunculkan pita sasaran sama sekali.

Amplikon tunggal itu dikirim ke Laboratorium Penelitian dan Pengujian Terpadu Universitas Gadjah Mada untuk pengurutan Sanger dua arah. Urutannya lalu disunting dengan perangkat lunak MEGA12.

Analisis BLASTn menegaskan virus penyebabnya adalah papaya ringspot virus tipe P. Isolatnya dinamai PRSV-SMN-TJ dan didaftarkan di GenBank dengan nomor aksesi PX927038.

Baca juga Mikoriza Lokal Tekan Kutu Kebul Cabai Kopay dari 30 Persen

Kekerabatan 99 Persen dengan Isolat Thailand

Pohon kekerabatan disusun dari 462 pasang basa daerah protein selubung parsial. Penjajarannya memakai algoritma ClustalW di dalam MEGA12.

Model substitusi yang terpilih adalah Tamura tiga parameter. Pohonnya dibangun dengan metode kemungkinan maksimum memakai 1.000 ulangan bootstrap.

Kelompok luar diisi tiga isolat zucchini yellow mosaic virus. Ketiganya berasal dari Cucurbita maxima di Indonesia, Citrullus lanatus di Brasil, dan Luffa cylindrica di Taiwan.

Isolat PRSV-SMN-TJ mengelompok bersama 16 isolat PRSV lain. Asalnya Indonesia, Thailand, Tiongkok, Malaysia, Taiwan, Filipina, Vietnam, dan Brasil.

Kekerabatan terdekatnya dengan isolat Chonburi2 bernomor AY010716 dan Ratchaburi bernomor AY010721. Keduanya berasal dari Thailand dan tergolong PRSV tipe P.

Kesamaan nukleotidanya dengan dua isolat Thailand itu berkisar 98,91 sampai 99,35 persen. Angka itu dihitung memakai perangkat lunak Sequence Demarcation Tool versi 1.2.

Kesamaan dengan isolat asal Indonesia justru lebih rendah, yakni 94,47 sampai 95,54 persen. Isolat pembandingnya mencakup Nganjuk, Kulon Progo, Brebes, Subang, dan Bali.

Perhitungan itu membandingkan isolat Sleman dengan 27 isolat lain di pangkalan data GenBank. Hasilnya sejalan dengan pengelompokan pada pohon kekerabatan.

Naskah menyebut PRSV terbagi dua tipe berdasarkan kisaran inangnya. Tipe P menyerang Caricaceae, Cucurbitaceae, dan Chenopodiaceae, sedangkan tipe W terbatas pada dua suku terakhir.

Penempatan isolat Sleman sebagai kerabat PRSV tipe P didasari asal tanamannya dan posisinya di pohon kekerabatan. Isolat itu juga menunjukkan kedekatan dengan sebagian urutan tipe W.

Penulisnya meminta hasil terakhir itu ditafsirkan hati-hati. Alasannya, analisis hanya memakai potongan pendek daerah protein selubung.

Pare Tertular Penuh, Mentimun dan Melon Separuh

Penularan mekanis diuji memakai satu gram daun pepaya bergejala yang sudah positif PRSV. Daun itu digerus dengan mortar dan ditambah 5 mililiter penyangga kalium fosfat.

Cairan perasannya disaring dengan kapas. Karborundum 400 mesh dipakai sebagai bahan pengampelas saat inokulasi.

Tanaman ujinya empat batang untuk masing-masing jenis, yaitu mentimun, melon, dan pare. Inokulasi dilakukan pada fase dua daun sejati dengan cara menggosok daun.

Tanaman dibiarkan 10 menit lalu dibilas air suling. Setelah itu tanaman dipindahkan ke rumah kaca bersuhu 25 sampai 27 derajat Celsius selama empat hingga lima pekan.

Peubah yang diamati meliputi jenis gejala, waktu munculnya gejala, kejadian penyakit, keparahan gejala, dan konfirmasi RT-PCR. Contoh daun gabungan dari tiap jenis inang ikut diuji molekuler.

Gejala pertama muncul pada hari ke-14 setelah inokulasi di ketiga jenis tanaman. Daun pare menggulung dan bermotif belang.

Seluruh empat tanaman pare menunjukkan gejala, sehingga kejadian penyakitnya mencapai 100 persen. Angka itu tertinggi di antara ketiga inang yang diuji.

Mentimun dan melon masing-masing hanya menampakkan gejala pada dua dari empat tanaman. Kejadian penyakitnya 50 persen dengan gejala klorosis dan belang.

Uji RT-PCR menegaskan infeksi PRSV pada ketiga jenis labu-labuan tersebut. Hasil itu dipakai penulisnya untuk menghubungkan gejala yang muncul dengan virus asal pepaya.

Keparahan gejala hanya dilaporkan secara deskriptif. Penulisnya tidak memakai indeks keparahan penyakit yang terukur.

Riset ini bersandar pada satu contoh gabungan dari satu kebun saja. Uji penularannya pun terbatas pada tiga jenis inang labu-labuan.

Jenis gulma di kebun tidak diidentifikasi dan tidak diuji kandungan virusnya. Identitas kultivar pepaya serta status ketahanannya juga tidak dipastikan.

Penulisnya meminta pengambilan contoh diperluas, kontrol diagnostik dilengkapi, dan patogenisitas diukur secara kuantitatif. Pengujian inang juga disarankan diperluas.

Ada pula kejanggalan kecil pada berkas naskahnya. Kepala halaman menulis rentang halaman 42 sampai 55, sedangkan petunjuk pengutipan di bagian akhir menulis 41 sampai 55.

Riset ini dibiayai skema Program Peningkatan Keunggulan Akademik B Universitas Gadjah Mada. Penulisnya menyatakan tidak ada benturan kepentingan finansial maupun personal.

Baca juga Padi Lokal Pesisir Selatan Diuji Lawan Wereng Batang Cokelat