Virus Pepaya Sleman Paling Dekat dengan Dua Isolat Thailand

Cekricek.id — Empat dari empat tanaman pare yang diinokulasi memperlihatkan gejala pada hari ke-14. Daunnya keriting dan belang. Virus pepaya Sleman dalam uji itu juga menginfeksi mentimun dan melon, masing-masing 2 dari 4 tanaman.

Isolatnya diberi nama PRSV-SMN-TJ. Urutan gen parsialnya terdaftar di NCBI GenBank dengan nomor aksesi PX927038. Berdasarkan potongan gen protein selubung sepanjang 462 pasang basa, kerabat terdekatnya dua isolat Thailand, Chonburi2 dan Ratchaburi. Kemiripan nukleotidanya 98,91–99,35 persen.

Temuan itu dimuat dalam artikel Molecular Characterization and Mechanical Transmission of a Papaya Ringspot Virus Isolate from Sleman Regency, Indonesia. Artikel terbit di JPT: Jurnal Proteksi Tanaman (Journal of Plant Protection) Volume 10 Nomor 1 tahun 2026, halaman 42–55. Jurnal itu diterbitkan Universitas Andalas. Tanggal terbitnya 15 Juni 2026.

Penulisnya 9 orang dari Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada. Lima di antaranya Meyrin Novia Vadilah, Fhilia Raga Cipta Wida, Rossa Wulandari, Alimah Nur Hasanah, dan Fatwa Annisa Yustisia. Empat lainnya Carreista Ashila Shafa, Fadzilah Nur Hidayah, Hanum Nilamsari, dan Adyatma Irawan Santosa. Meyrin tercatat sebagai kontributor utama. Adyatma menjadi penulis korespondensi.

Riset ini didanai Program Peningkatan Keunggulan Akademik Skema B Universitas Gadjah Mada. Nomor hibahnya 6529/UN1.P1/PT.01.03/2024. Naskah masuk ke redaksi jurnal pada 23 Februari 2026. Revisi pertama tercatat 17 Maret 2026. Naskah diterima pada 31 Mei 2026.

5.000 Meter Persegi Kebun Pepaya Nyaris Hancur

Survei digelar pada November 2025. Pemicunya laporan petani tentang kebun pepaya mereka yang rusak oleh penyakit mirip virus. Luas kebun itu sekitar 5.000 meter persegi. Letaknya di Kabupaten Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta, pada ketinggian 450 meter di atas permukaan laut.

Menurut paper, kebun itu nyaris hancur seluruhnya. Gejalanya sistemik, yakni mosaik daun, klorosis, serta bercak cincin pada daun dan buah. Sebagian tanaman bahkan kerdil. Tim mengambil daun dari 5 tanaman bergejala di titik yang berbeda. Daun kelima tanaman itu digabung menjadi 1 sampel komposit.

Dua hal lain tercatat saat survei. Gulma tumbuh lebat di sebagian besar kebun. Kutu daun, serangga penular virus ini, tidak terlihat. Sampel lalu dibawa ke Ruang Virologi Laboratorium Fitopatologi Fakultas Pertanian UGM. Di sana sampel disimpan pada suhu −20 derajat Celsius sebelum dianalisis.

700 Pasang Basa Menunjuk Potyvirus, Begomovirus Negatif

Sampel diuji untuk 2 kelompok virus sekaligus. Alasannya, gejala dari kelompok virus berbeda di lapangan bisa tumpang tindih. Uji potyvirus memakai pasangan primer universal U341 dan Poty1, dengan target 600–800 pasang basa. Uji begomovirus memakai SPG1 dan SPG2, dengan target sekitar 900 pasang basa.

Sampel membentuk pita sekitar 700 pasang basa untuk potyvirus. Pita begomovirus tidak muncul. Pita tunggal itu dikirim ke Laboratorium Penelitian dan Pengujian Terpadu UGM untuk sekuensing Sanger 2 arah. Analisis BLASTn kemudian menetapkan virusnya sebagai papaya ringspot virus atau PRSV.

Ada angka yang tidak tersedia pada tahap ini. Konsentrasi dan kemurnian DNA serta RNA hasil ekstraksi tidak diukur sebelum analisis molekuler. PCR sebanyak 35 siklus juga dijalankan tanpa pembanding. “PCR dilakukan tanpa kontrol positif dan negatif,” tulis Meyrin Novia Vadilah dan kawan-kawan di halaman 44.

Baca juga Kutu Putih Pepaya dan Lapisan Lilin yang Menahan Racun

Elektroforesis berjalan pada gel agarosa 1 persen, 50 volt, selama 50 menit. Sebanyak 4 mikroliter penanda DNA 1 kb dimasukkan ke satu sumur. Produk PCR juga dimasukkan 4 mikroliter per sumur. Gambar 2 memuat 3 lajur: pita potyvirus, lajur begomovirus tanpa pita, dan penanda DNA.

16 Isolat PRSV Segugus dengan Virus Pepaya Sleman

Pohon kekerabatan disusun dari 462 pasang basa ujung gen protein selubung. Metodenya kemungkinan maksimum di perangkat lunak MEGA12, dengan 1.000 ulangan bootstrap. Tiga isolat zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) dipakai sebagai kelompok luar. Ketiganya terpisah dari cabang utama dan membentuk cabang sendiri.

PRSV-SMN-TJ masuk satu gugus dengan 16 isolat PRSV. Asal isolat itu Indonesia, Thailand, Tiongkok, Malaysia, Taiwan, Filipina, Vietnam, dan Brasil. Kerabat terdekat virus pepaya Sleman adalah Chonburi2 dan Ratchaburi dari Thailand. Kedua isolat Thailand itu teridentifikasi sebagai PRSV-P.

Tiga isolat ZYMV pembanding juga berasal dari tempat berbeda. Isolat GK diambil dari Cucurbita maxima di Indonesia. Isolat MN364667 berasal dari Citrullus lanatus di Brasil. Isolat TW-TN3 berasal dari Luffa cylindrical di Taiwan. Menurut paper, ketiganya berkerabat jauh dengan isolat Sleman.

7 Isolat Indonesia Kalah Dekat dari 2 Isolat Thailand

Kemiripan nukleotida dihitung dengan Sequence Demarcation Tool versi 1.2. Terhadap dua isolat Thailand, virus pepaya Sleman mencatat 98,91–99,35 persen. Terhadap 7 isolat Indonesia, angkanya lebih rendah, yakni 94,47–95,54 persen. Menurut paper, hasil hitungan itu sejalan dengan susunan pohon kekerabatan.

Ketujuh isolat Indonesia itu adalah 4-DS-2022, PRSV IDN Nganjuk, 1-MD-2022, PRSV IDN Kulon Progo, PRSV IDN Brebes, PRSV IDN Subang, dan Bali. Semuanya berada di rentang 94,47–95,54 persen. Paper tidak merinci angka tiap isolat di dalam teks. Rinciannya digambarkan pada Gambar 4.

Angka berikutnya lebih rumit. Isolat Sleman digolongkan sebagai isolat terkait PRSV-P karena diambil dari pepaya dan bergugus dengan PRSV-P. Namun, isolat ini juga berkerabat dengan sejumlah urutan yang dikaitkan dengan PRSV-W. “Hasil ini perlu ditafsirkan dengan hati-hati karena analisisnya memakai daerah protein selubung parsial yang pendek,” tulis tim itu di halaman 51.

Menurut paper, PRSV-P menginfeksi tumbuhan dari 3 famili, yakni Caricaceae, Cucurbitaceae, dan Chenopodiaceae. PRSV-W terbatas pada Cucurbitaceae dan Chenopodiaceae, sehingga tidak menginfeksi pepaya. Genom virus ini berupa RNA untai tunggal sekitar 10,3 kilobasa. Pohon kekerabatan di paper hanya memakai 462 pasang basa.

12 Tanaman Uji, Gejala Muncul pada Hari ke-14

Uji penularan mekanis memakai 12 tanaman dari 3 spesies labu-labuan. Masing-masing 4 tanaman mentimun, melon, dan pare. Sebanyak 1 gram daun pepaya bergejala yang positif PRSV digerus. Gerusan itu dicampur 5 mililiter bufer kalium fosfat 0,01 M dengan pH 7,0.

Cairan disaring dengan kapas. Karborundum 400 mesh dipakai sebagai bahan penggosok. Cairan digosokkan pelan ke daun tanaman uji yang memiliki 2 daun sejati. Setelah 10 menit, tanaman dibilas air suling. Tanaman lalu diinkubasi di rumah kaca bersuhu 25–27 derajat Celsius selama empat sampai lima minggu.

Gejala pertama pada ketiga spesies muncul pada hari ke-14 setelah inokulasi. Pare memperlihatkan daun keriting dan belang. Mentimun dan melon memperlihatkan klorosis dan belang. Uji RT-PCR pada sampel daun komposit dari 3 spesies itu memastikan infeksi virus pepaya Sleman pada semuanya.

100 Persen pada Pare, 50 Persen pada Mentimun dan Melon

Insidensi penyakit dihitung sebagai persentase tanaman bergejala dari seluruh tanaman yang diinokulasi. Pare mencatat 4 dari 4 tanaman, atau 100 persen. Mentimun mencatat 2 dari 4 tanaman, atau 50 persen. Melon juga mencatat 2 dari 4 tanaman, atau 50 persen.

Selisih 50 poin persen itu dibaca peneliti sebagai perbedaan respons. “Tren ini menunjukkan bahwa inang labu-labuan berbeda dalam responsnya terhadap inokulasi mekanis dengan PRSV-SMN-TJ,” tulis Meyrin Novia Vadilah dan rekan-rekannya. Setiap spesies hanya diwakili 4 tanaman. Paper tidak menyertakan uji statistik untuk selisih tersebut.

Keparahan gejala tidak diberi skor angka. Menurut paper, keparahan dinilai secara deskriptif, misalnya klorosis ringan, belang, atau keriting. Masa inkubasi berlangsung empat sampai lima minggu. Tabel 1 mencantumkan waktu munculnya gejala, 14 hari, tetapi tidak menyebut pada hari ke berapa insidensi dihitung.

Baca juga Virus Melon Bengkulu, 60 Sampel Positif Tiga Virus Sekaligus

Menurut paper, virus pepaya Sleman dapat ditularkan secara mekanis ke 3 inang labu-labuan terpilih dalam kondisi uji ini. Paper menyebut hasil itu sebagai bukti awal. Paper juga menyebut variasi kemampuan isolat PRSV menginfeksi labu-labuan mungkin berkaitan dengan ciri isolat, spesies inang, dan kondisi lingkungan.

10 Daerah Pernah Mencatat PRSV, Sleman Salah Satunya

Sleman bukan nama baru dalam catatan PRSV. Paper menyebut infeksi PRSV sudah dilaporkan di 10 daerah, yakni Sleman, Tabanan, Boyolali, Bogor, Medan, Kebumen, Purworejo, Bantul, Nganjuk, dan Malang. Kasus pertama PRSV pada pepaya di Indonesia mungkin terjadi di Kabupaten Aceh Besar.

Infeksi PRSV pada mentimun juga pernah diidentifikasi di 4 provinsi, yakni Daerah Istimewa Yogyakarta, Jawa Barat, Jawa Timur, dan Jawa Tengah. Menurut paper, temuan di Sleman menambah informasi tingkat isolat. Tim menilai informasi itu mendukung perlunya surveilans PRSV berkelanjutan di sentra pepaya.

1 Sampel Komposit, 2 Faktor Lapangan Tidak Diuji

Keterbatasan pertama tertulis di abstrak. “Studi ini didasarkan pada satu sampel lapangan komposit dan uji penularan inang yang terbatas,” tulis para penulis. Sampel komposit itu berasal dari 5 tanaman. Mereka menyebut perlunya pengambilan sampel lebih luas, kontrol diagnostik lengkap, dan penilaian patogenisitas kuantitatif.

Dua faktor lapangan tercatat tanpa diuji. Gulma lebat terlihat pada Gambar 1, tetapi jenisnya tidak diidentifikasi dan tidak diuji untuk infeksi PRSV. Kultivar serta status ketahanan pepaya di kebun itu juga tidak dipastikan. Menurut paper, kondisi lapangan mungkin berkontribusi terhadap penyakit parah di kebun itu. Namun, “studi ini tidak menguji faktor agronomi atau epidemiologi secara langsung,” tulis tim itu.

Kutu daun tidak teramati saat survei November 2025. Menurut paper, virus ini tidak terbawa biji dan menular secara mekanis atau terutama lewat kutu daun secara nonpersisten. Studi ini hanya menguji penularan mekanis virus pepaya Sleman pada 12 tanaman. Penularan lewat kutu daun tidak diuji.

Naskah juga menyimpan beberapa selisih angka. Kepala halaman pertama menulis halaman 42–55, sedangkan panduan sitasi di halaman terakhir menulis 41–55. Nomor halaman 47 tidak tercetak. Nomor 49 tercetak dua kali, dan halaman sesudahnya bernomor 27.

Baca juga Dosis Pupuk Kandang 2 Kg per Tanaman Beri Buah Tomat Terberat

Pohon kekerabatan memuat 16 isolat PRSV dan 3 isolat ZYMV. Keterangan Gambar 4 menyebut perbandingan dengan 27 isolat lain di GenBank. Paper tidak menjelaskan perbedaan jumlah itu. Kata identified tercetak 2 kali berturut-turut di abstrak dan kesimpulan, sementara keterangan Gambar 3 juga mengulang label gambarnya.

Kesimpulan menyebut virusnya PRSV-P. Bagian pembahasan memakai istilah yang lebih lunak, yakni isolat terkait PRSV-P. Virus pepaya Sleman itu juga berkerabat dengan urutan terkait PRSV-W, yang dianalisis hanya dari 462 pasang basa.

Pare mencapai insidensi 100 persen dalam uji yang hanya memakai 4 tanaman. Apakah gulma lebat di kebun 5.000 meter persegi itu ikut menyimpan virus pepaya Sleman, tidak diperiksa dalam studi ini.